Situada no antigo monte de São Paulo, nas proximidades da ponte da ilha de Luanda, a Fortaleza de São Miguel foi construída em 1575, tendo sido a primeira estrutura defensiva de Luanda e de Angola.

Por volta de 1641, a fortaleza passou para o domínio holandês, tendo sido novamente recuperada para a coroa portuguesa em 1648.

Nos séculos XVIII e XIX passou por várias remodelações e ampliações, o que, de algum modo, contribuiu para que tenha sido classificada como monumento nacional, em 1938. No ano seguinte, e com mais melhoramentos, o Museu de Angola instalou-se na Fortaleza de São Miguel. No entanto, em 1961, voltou a assumir funções militares, tendo sido sede do Comando das Forças Militares Portuguesas. Pouco tempo após a independência, a fortaleza passou a albergar o Museu das Forças Armadas Angolanas.

Considerada como um dos principais patrimónios da capital e do país, em 1995 sofreu intervenções de conservação no exterior do edifício. Actualmente é propriedade do Estado, estando afectada ao Ministério da Defesa e ao Ministério da Cultura.